Aberlour została założona w 1879 roku przez Jamesa Fleminga, syna ubogiego rolnika. Fleming dostarczał zboże do innych lokalnych gorzelni od lat i marzył o tym, by pewnego dnia posiadać własną. Zrealizował to marzenie, gdy nabył ziemię we wsi Charlestown of Aberlour – nazwanej na cześć jej założyciela, Charlesa Granta z Elchies. Ziemia, którą kupił Fleming, zawierała znakomite źródło wody w postaci zdroju św. Drostana.

Jednakowoż, początki działalności były trudne – w 1879 i 1898 pożary zniszczyły destylarnię, a w następnych latach wielokrotnie zmieniała ona właścicieli. Sytuacja unormowała się w latach siedemdziesiątych ubiegłego wieku, gdy koncern Pernod Ricard wykupił przedsiębiorstwo. Od tego czasu destylarnia rośnie w siłę, produkując wyśmienite whisky w stylu Highland Single Malt.